Als kurz vor der Mitte des sechzehnten Jahrhunderts erstmals portugiesische Schiffe an der japanische Küste anlegten, zog besonders eines die Aufmerksamkeit der Einheimischen auf sich: Feuerwaffen. Vor allem durch sie sah man die seltsamen Fremden als interessante Handelspartner an. Schließlich wurde das Land von schweren militärischen Auseinandersetzungen zwischen verschiedenen Daimyo (Territorialfürsten) geplagt, und diese konnten jede Neuerung in ihrem Arsenal gut gebrauchen.
Die ersten Besucher aus dem fernen Westen waren sicherlich Kaufleute. Doch der Anlass einer folgenreicheren Begegnung lag nicht in militärischen, sondern vor allem in seelsorgerischen Erwägungen: Der spanische Geistliche Francisco de Xavier, ein Mitbegründer des Jesuitenordens, war 1547 als Missionar in Südasien tätig. Dort begegnete er einem Japaner, dessen Berichte ihn zu dem Entschluss führten, das Christentum nach Japan zu bringen. Am 15. August 1549 legte sein Schiff in Kagoshima an.
Seine Bemühungen waren von wenig Erfolg gekrönt. Der Daimyo, in dessen Gebiet er seine Arbeit beginnen wollte, war über die Portugiesen sehr erzürnt, weil diese einem früheren Versprechen, ihn wieder aufzusuchen, nicht nachgekommen waren. Auch andernorts wurde er nicht mit offenen Armen empfangen. Ihm gelang die Gründung einer Gemeinde, bevor er das Land 1551 verließ, um andere Geistliche anzuwerben, die sein Werk fortführen sollten.
Diese waren bedeutend erfolgreicher. 1564 standen in Kyoto bereits sieben Kirchen, um 1580 bezeichneten sich ungefähr 150.000 Japaner als Christen. Viele Daimyo hatten allerdings den Glauben gewechselt, um die Portugiesen als Verbündete gegen die auch politisch bedeutsame buddhistische Priesterschaft zu gewinnen.
Nachdem Toyotomi Hideyoshi in den 1580er Jahren das Reich geeint hatte, betrachtete er die Fremden zunehmend als Gefahr, da viele Daimyo mit ihnen Handel trieben und daher vom Shogunat wirtschaftlich weitgehend unabhängig waren. Er verbannte alle Ausländer aus Japan. Wenige Jahrzehnte später wurde das Christentum gänzlich verboten.
Bis zur erzwungenen Öffnung des Landes ab 1853 waren Christen ständiger Verfolgung ausgesetzt, ihre Bücher und Symbole waren verboten, viele Gläubige wurden hingerichtet. Nur die Kakure Kirishitan (Verborgene Christen) behielten einige Riten und Gebete bei, die aber, weil Unterweisung und Bibelstudium fehlten, bald nur noch wenig mit dem eigentlichen Christentum gemeinsam hatten. Erst 1873 wurde das Verbot auf internationalen Druck hin endgültig aufgehoben. Dennoch hielt die Staatsführung seitdem konsequent am Shintoismus fest.
Nach dem Ende der über 250 Jahre währenden Isolation Japans begannen zunächst Katholiken und Protestanten (letztere vor allem aus den USA) mit der erneuten Missionierung. Ab 1861 folgten orthodoxe Geistliche nach. Auch die Zeugen Jehovas, denen allerdings zwischen 1939 und 1945 das Missionieren verboten war, konnten nach dem Zweiten Weltkrieg ihre Gemeinschaft stetig vergrößern (derzeit ungefähr 200.000). Jedoch kann keine Glaubensströmung auf mehr als 750.000 Anhänger verweisen – bei einer Gesamtbevölkerung von über 130 Millionen Menschen.
So gibt es beispielsweise etwa 450.000 Katholiken, die damit die größte Einzelkirche bilden. Dem stehen mehr als 700.000 Protestanten gegenüber, darunter viele Evangelikale. Die orthodoxe Kirche stellt mit ungefähr 30.000 Gläubigen gerade drei Prozent aller japanischen Christen.
Christliche Bräuche spielen daher in Japan außerhalb der Kirchen eine denkbar untergeordnete Rolle. Manche, wie zum Beispiel Weihnachten, wurden erst in jüngster Zeit im großen Stil übernommen und eher auf weltliche Art als religiös begangen. Dazu kommt, dass viele zwar Weihnachten feiern, das Fest aber auf den 23. Dezember, den Geburtstag des Kaisers, vorverlegen. Ansonsten ist der japanische Alltag zumeist buddhistisch-shintoistisch oder gänzlich säkulär geprägt.