Minamoto no Yoritomo, der Shogun übernimmt die Verwaltungsgeschäfte des Landes und besetzt die wichtigsten Stellen mit Mitgliedern seinen Militärs. Zudem verbündete er sich durch Heiratspolitik mit der mächtigen Hojo Familie. Nach dem Tod Minamoto no Yoritomos übernahm der Hojo-Clan die Macht und ging als Sieger aus einem militärischen Konflikt mit dem Kaiser hervor.
Die Hoji-Familie bestimmte nun de facto das politischte Tagesgeschehen und regelte sogar die kaiserliche Nachfolge. Diese Vormachtstellung des Hojo-Clans hatte extrem stabilisierende Auswirkungen auf das Land.
Mitte des 13. Jahrhunderts forderten die Mongolen, die unter der Führung Kublai Khans bereits China unterworfen hatten, eine Übergabe Japans. Das Shogunat jedoch reagierte nicht weiter auf die Drohungen einer Invasion mongolischer Streitkräfte und in den Jahren 1274 und 1281 kam es zu Invasionsversuchen der Mongolen.
Die Invasionsversuche fanden jeweils an der Nordwestküste von Kyushuu statt, jedoch wurden beides Male die Flotten der Mongolen von einem Taifun vernichtet. Dieser Taifun wird der Legende nach als göttlicher Wind, also als Kamikaze bezeichnet.
Da das Shogunat nicht über genug Ressourcen verfügte, um die zur Verteidigung des Landes aufgestellten Samurai zu bezahlen, wandten sich einige der größten Familien erneut dem Kaiser zu, der die Gunst der Stunde zu nutzen wies.
Der Kaiser Go-Daigo stürzte mit Hilfe der ihm geneigten Familien den Hojo-Clan und begann mit der Wiederherstellung der kaiserlichen Macht (die sogenannte Kemmu-Restauration).
Aufgrund einiger Differenzen zwischem Go-Daigo und der stärksten Familie, dem Ashikaga-Clan, hatte diese Restauration allerdings nur kurzzeitig bestand. Die Ashikaga-Familie setzte seinen eigenen Kaiser ein und es kam somit zu zwei parallelen Kaiserhöfen. Go-Daigo errichtete seine Residenz südlich von Kyoto, im heutigen Osaka.
Aufgrund der Vormachtstellung der Ashikaga musste Go-Daigo im Jahre 1391 letztendlich abdanken und das Shogunat der Ashikaga erlangte somit die komplette Regierungsgewalt.
